济宁医学院有3个校区，分别是：济宁太白湖校区、日照校区和任城校区，以及1个高新区教科园。

太白湖校区位于山东省济宁市太白湖新区荷花路133号;日照校区位于山东省日照市东港区学苑路669号;任城校区位于山东省济宁市任城区建设南路45号;高新区教科园位于山东省济宁市高新区海川路16号。

太白湖校区：儿科学、临床医学、护理学、法医学、医学检验技术、中西医临床医学、针灸推拿学、临床医学、康复治疗学、康复工程。

任城校区：临床医学、预防医学、食品质量与安全、卫生检验与检疫、精神医学、应用心理学、口腔医学。

日照校区：药学、药物制剂、中药学、临床药学、计算机科学与技术、生物医学工程、医学信息工程、信息管理与信息系统、公共事业管理、市场营销、劳动与社会保障、生物技术、生物工程、英语。

高新区科教园：生物制药、制药工程。