吉林农业科技学院有2个校区，分别是左家校区和九站校区。

左家校区

位于吉林市吉林经济技术开发区经开大街翰林路77号

2007年被确立为“吉林省大学生创新实践基地”，左家校区实践教学基地先后被评为吉林省科普教育基地和国家级科普教育基地。

九站校区

吉林省吉林市昌邑区左家镇学府路1号

2004年3月27日，国家教育部专家组在四川对全国升本学校进行评估，学校以全票通过升本院校，校名为“吉林农业科技学院”。5月18日，教育部正式发函同意建立吉林农业科技学院。